585 ha obszaru gminy Stare Czarnowo stanowią wody powierzchniowe. Obejmują zarówno naturalne, jak i sztuczne cieki oraz zbiorniki wodne.
- Jeziora
Na obszarze gminy znajduje się 20 jezior o powierzchni powyżej 1 ha. Łączna powierzchnia tych akwenów wynosi ok. 410 ha. Jeziora na obszarze gminy są zróżnicowane pod względem genezy, morfometrii zbiornika, dostępności, stopnia przekształcenia wykorzystania, wartości biocenotycznych oraz istniejących i proponowanych form ochrony. W rozmieszczeniu jezior wyróżniają się 2 skupiska warunkowane przyczynami powstawania tych akwenów.
Z większych jezior, 14 zbiorników znajduje się na obszarze Wzgórz Bukowych lub u ich podnóża. 5 zbiorników znajduje się w dolinach rzek Płoni, Krzekny i Ostrowicy, a 1 zbiornik znajduje się na wysoczyźnie pomiędzy doliną Płoni, a jeziorem Miedwie.
Jezioro Miedwie znajduje się na Pomorzu Zachodnim na Równinie Pyrzycko-Stargardzkiej. Jest największym słodkowodnym zbiornikiem w województwie zachodniopomorskim. Jego powierzchnia wynosi 35 km2, co stawia je na 5 miejscu pod względem wielkości jezior w Polsce i 2 w województwie. Mieszkańcy mogą skorzystać z uroków jeziora Miedwie wypoczywając w Żelewie.
W jeziorze występują następujące gatunki ryb: sielawa, szczupak, okoń, węgorz, jaź, karp, krąp, lin, miętus, płoć, sandacz i leszcz oraz 2 gatunki skorupiaków oraz ptaki wodne m.in. wąsatka. Najcenniejszą rybą występującą tylko w tym zbiorniku wodnym była sieja miedwiańska.
Długość jeziora Miedwie wynosi 15 700 m, a szerokość waha się od 1,5 do 3 km. Głębokość jeziora jest imponująca, bo sięga 48,3 m. Długość linii brzegowej wynosi 28,8 km, a powierzchnia 3527 ha.
Do XIII wieku powierzchnia jeziora była jednak znacznie mniejsza od obecnej. Cystersi z Kołbacza podnieśli sztucznie poziom tafli wody o około 2 m za pomocą systemu tam na Płoni. Wody jeziora rozlały się szeroko na okoliczne tereny, a na uzyskanych w ten sposób płyciznach mnisi zakładali olbrzymie poldery z hodowlami ryb. Idąc zatem w wodzie od brzegu, przez długi czas jest płytko. Dopiero w pewnym momencie dno jakby się nagle obrywa na znaczną głębokość. To płytka woda i twarde dno stwarzają dobre warunki do plażowania i uprawiania sportów wodnych.
Akwen ma szczególne znaczenie nie tylko ze względów krajobrazowych i turystycznych. Od 1976 roku stanowi źródło wody pitnej dla Szczecina, który odbiera jej codziennie około 100 tys. m³ . Dostarczaniem wody do naszych kranów zajmuję się Zakład Wodociągów i Kanalizacji Sp. z o. o. w Szczecinie.
Jezioro Binowskie typu bezodpływowego, położone w obrębie Wzgórz Bukowych w południowo-zachodniej części Puszczy Bukowej. Leży za zachód od wsi Binowo. Powierzchnia zbiornika wynosi 52,4 ha, z czego 1,7 ha zajmuje roślinność wynurzona. Lustro wody znajduje się 40,5 m n. p. m. Średnia głębokość jeziora to 5,5 m a maksymalna 9,4 m. Długość 1,3 km, a szerokość 730 m. Od zachodu brzegi jeziora są suche i zalesione, zaś od wschodu i północy są podmokłe, porośnięte trzciną i szuwarami.
Wokół jeziora znajdują się szlaki turystyczne w kierunku Szczecina, Gryfina i Chlebowa. Na zachodnim brzegu zlokalizowana jest plaża i ośrodki wypoczynkowe.
Jezioro Glinna jest największym jeziorem leżącym na południowym obszarze obrzeża Puszczy Bukowej. Położone jest w malowniczej, zachodniej części Pobrzeża Szczecińskiego w obrębie mezoregionu Wzgórz Bukowych. Jego powierzchnia wynosi 65,6 ha a wysokości lustra wynosi 25,2 m n.p.m. Do jeziora wpływa strumień Wężówka, a uchodzi z niego główny strumień tworzący rzekę Krzeknę.
Na skutek znacznego wypłycenia jezioro właściwie zostało podzielone na dwie części i południowo-wschodnia zatoka wyodrębniła się od reszty i utworzyła tzw. jezioro Glinna Wąska. Na jeziorze jest pięć zatok i tak od strony północno-zachodniej znajduje się zatoka Wężówki, zwana również Pieprzową. Na południowo-wschodniej części znajduje się Zatoka Leniwa, zwana również Gniłą. Dalej na południowym-zachodniej części znajduje się Zatoka Krzekny i właśnie do niej wpływa jeden z potoków źródłowych Krzekny. Obok najmniej widoczna Zatoka Ujścia, a w południowo-wschodniej części dawnej Zatoki Promna znajduje się wąska i płytka cieśnina o długości około 300 m, łącząca się z jeziorem Glinna Wąska.
Jezioro Będgoszcz ma powierzchnię 264,3 ha. Jego maksymalna głębokość to 13 m, a średnia głębokość to 5,5 m. Długość maksymalna jeziora 5290 m, zaś szerokość 1040 m. Długość linii brzegowej jeziora ogółem to 18950 m. Należy do zlewni rzeki Płonia będącej dopływem Odry, a mającej swoje źródła w okolicach miasta Barlinek.
Jezioro Będgoszcz leży w sąsiedztwie jeziora Miedwie, z którym jest połączone płynącym przez miejscowość Giżyn kanałem Ostrowica.
Od strony południowej na jeziorze znajdują się dwie wyspy porośnięte drzewami i krzewami. Większa wyspa, położona bardziej na południe, nazywa się Pyrzycka. Mniejsza, oddalona od niej o 150 m, nosi nazwę Owczej. Najmniejsza wyspa jeziora zwana jest wyspą Topolową. Wyspy dają schronienie licznym wodnym ptakom.
- Rzeki
Przez gminę Stare Czarnowo przepływają rzeki Płonia i Krzekna oraz liczne małe cieki wodne (potoki i strumienie).
Rzeka Płonia ma 72,6 km długości. Powierzchnia dorzecza wynosi 1171,2 km². Źródło rzeki znajduje się na południe od Barlinka w Barlinecko-Gorzowskim Parku Krajobrazowymi. Uchodzi do jeziora Dąbie.
Na terenie gminy Stare Czarnowo rzeka Płonia rozpoczyna swój bieg na południe od wsi Żelewo, na jeziorze Miedwie. Nieopodal przepływa przez jeziora Żelewko i Płonno oraz wieś Kołbacz, po czym po 2 km wpływa w granice administracyjne Szczecina.
Na całej długości rzeka jest dostępna dla kajaków.
Rzeka Krzekna o długości 14 km położona jest w zachodniej części Pobrzeża Szczecińskiego, na styku Wzgórz Bukowych, Równiny Wełtyńskiej i Równiny Pyrzyckiej.
Przyjmuje się, że Krzekna zaczyna swój bieg na podmokłych łąkach na wschód od wsi Wysoka Gryfińska. Następnie płynie na wschód przez jezioro Zgniły Grzyb. W okolicach Żelisławca przyjmuje Kanał Glinna. Na południe od wsi Glinna przyjmuje dwa największe dopływy - Dobropolski Potok i Słoneczny Potok spływające z południowej części Puszczy Bukowej. Dalej w szerokiej dolinie przepływa przez Jezioro Czarnowskie i stawy rybne. W dolnym biegu tworzy rozlewiska i liczne odnogi. Wpada do jeziora Będogoszcz.